Atlantide racconta la storia di Daniele, un giovane che vive nella laguna di Venezia emarginato dal gruppo dei suoi coetanei, e sogna un barchino. Una storia di iniziazione maschile, violenta e predestinata al fallimento, nata senza sceneggiatura. I dialoghi sono infatti rubati dalla vita reale e la storia si è sviluppata in divenire, in circa quattro anni a stretto contatto con la vita dei protagonisti del film. La pellicola registra un momento di grande cambiamento di Venezia e della sua laguna, raccontato dagli sguardi degli adolescenti.